I begyndelsen er alt mørke. Og inde i mørket begynder en fortættet og uendelig varm kerne af energi at bevæge sig. Tætheden er så stor, at lyset ikke kan trænge igennem. Men pludselig undslipper et blegt lysglimt. Så lyder en dyb rumlen. Universet er født. 

Naturvidenskabens førende skabelsesberetning er Big Bang-teorien, og de fleste danskere - selv mange præster - er overbevist. Men ingen ved, hvad der kom før Big Bang, og ingen kan forklare, hvad det er for en kraft, der presser universet til at udvide sig stadig hurtigere og hurtigere. I Livet er et mirakel tilbringer astrofysiker Anja C. Andersen og sognepræst Anna Mejlhede en nat i henholdsvis Københavns Universitets gamle observatorium på Østervold og i Holmens kirke i København. Mens de kigger på nattens stjerner og kirkens historiske hvælvinger, taler de om videnskab og tro og om at kunne rumme begge kulturer. De to kvinder øser af deres professionelle viden og personlige historie, og de fortæller med hver deres baggrund om skabelsen, stjernerne, sjælen og døden. De diskuterer, hvad meningen er med livet, hvorfor nysgerrighed og kærlighed er afgørende urkræfter, og hvorfor præsten har valgt at have tillid til videnskabens forklaring på universets begyndelse, og astrofysikeren at blive døbt i Guds navn.